Škriniar có trận đấu đầu tiên cho đội tuyển Slovakia vào ngày 27 tháng 5 năm 2016 trong trận giao hữu thắng Georgia 3-1. Chỉ ba ngày sau đó, anh bất ngờ được huấn luyện viên Ján Kozák chọn vào danh sách 23 cầu thủ Slovakia tham dự Euro 2016 tổ chức tại Pháp.[12][13] Anh có hai lần ra sân tại giải đấu này, trong trận đấu cuối vòng bảng với Anh và vòng 16 đội với Đức.

Škriniar là một trong 26 cầu thủ Slovakia được chọn tham dự Euro 2020.[14] Trong trận mở màn bảng E với đối thủ được đánh giá cao hơn là Ba Lan, Slovakia đã giành chiến thắng 2-1 với Škriniar là người ấn định tỷ số bằng cú đỡ bóng rồi vô-lê trong vòng cấm sau quả phạt góc của Róbert Mak.[15]